กองนโยบายและแผน เดิมมีฐานะเป็นแผนกแผนงานและประเมินผล วิทยาลัยครูยะลา ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ มีสายบังคับบัญชาขึ้นตรงกับรองอธิการบดีฝ่ายนโยบายและแผน และผู้อำนวยการสำนักงานอธิการบดีเป็นหลัก โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้เป็นหน่วยงานวางแผนกำหนดทิศทางเกี่ยวกับอนาคตของมหาวิทยาลัย ศึกษา ค้นคว้า รวบรวมข้อมูล ตลอดจนการวิเคราะห์สังเคราะห์นโยบาย แผนงาน โครงการ งบประมาณ ติดตามและประเมินผลการปฏิบัติงาน รวมทั้งการเสนอแนะในกรณีต่างๆ เพื่อประโยชน์ในการตัดสินใจของผู้บริหาร อันจะนำไปสู่การบรรลุวิสัยทัศน์และเป้าหมายของมหาวิทยาลัย ซึ่งนับว่ามีความสำคัญต่อการพัฒนามหาวิทยาลัย อีกทั้งมีบทบาทสำคัญต่อการเป็นหน่วยงานสนับสนุนการปฏิบัติงานของผู้บริหารให้สามารถพัฒนางานให้บรรลุผลตามนโยบายได้ ดังนั้นกองนโยบายและแผน จึงเป็นหน่วยงานสนับสนุนการจัดการศึกษาและภารกิจอื่นๆ ที่มีความสำคัญต่อการปฏิบัติงานโดยรวมของมหาวิทยาลัย
พ.ศ. 2518 วิทยาลัยครูยะลา ได้รับการยกฐานะตามพระราชบัญญัติให้สามารถผลิตครูในระดับปริญญาตรีได้ และได้มีประกาศแบ่งส่วนราชการในวิทยาลัยครูใหม่ แผนกแผนงานและประเมินผล จึงได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นสำนักวางแผน และพัฒนา มีฐานะเทียบเท่าคณะวิชา ประกอบด้วยฝ่ายต่างๆ ดังนี้
พ.ศ. 2542 สถาบันราชภัฏยะลาได้มีประกาศ เรื่อง การจัดโครงสร้างการบริหารงาน สถาบันราชภัฏยะลา เพื่อให้การบริหารและการดำเนินงานต่างๆ เป็นไปอย่างมีระบบ คล่องตัว และสามารถรองรับภารกิจของสถาบันได้อย่างมีประสิทธิภาพ สำนักงานวางแผนและพัฒนามีการแบ่งโครงสร้างภายในออกเป็นกลุ่มงาน ดังนี้
พ.ศ. 2549 ได้มีประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา พ.ศ. 2549 และได้มีประกาศมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา เรื่อง การจัดโครงสร้างการบริหารงานภายในมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา ตามความเห็นชอบของสภามหาวิทยาลัยในคราวประชุม ครั้งที่ 5/2549 เมื่อวันที่ 20 ตุลาคม 2549 ให้กองนโยบายและแผน ประกอบด้วยแาผนงานต่างๆ ดังนี้
พ.ศ. 2552 มหาวิทยาลัยมีประกาศมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา เรื่อง การจัดโครงสร้างการบริหารงานภายในมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา ฉบับที่ 2 พ.ศ. 2552 ลงวันที่ 20 ธันวาคม 2552 ส่งผลให้กองนโยบายและแผนประกอบด้วยงานต่างๆ ดังนี้
พ.ศ. 2557 มหาวิทยาลัยมีประกาศ เรื่อง การจัดโครงสร้างการบริหารงานภายในมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา (เพิ่มเติม) พ.ศ. 2557 ให้กองนโยบายและแผน ประกอบด้วยงานต่างๆ ดังนี้